به صورت پیش فرض Flask-SQLAlchemy یک شی به نام query درون هر یک از مدل هایی که ما ایجاد می کنیم قرار می دهد که با استفاده از آن می توانیم اقدام به پرس و جو از جدول مربوط به آن مدل کنیم. 

ابتدایی ترین پرس و جوی ممکن برای مدل، گرفتن لیست تمامی اشیایی است که از روی آن مدل ساخته شده اند. مثال زیر را در نظر بگیرید :




اگر بخواهیم به پرس و جوهای پیچیده تری دسترسی داشته باشیم باید امکان مشخص کردن ویژگی های اشیایی که قصد پیدا کردن آن را داریم را داشته باشیم. برای این منظور باید از فیلترها استفاده کنیم. بطور مثال اگر لیست تمامی کاربرانی را بخواهیم که نقش آنها در سیستم مشخص است از دستور زیر استفاده می کنیم :



علاوه بر این امکان دسترسی به کد SQL ای که با استفاده از دستور زیر ایجاد می شود نیز وجود دارد و برای آن از دستور زیر استفاده می کنیم :



حال اگر ترمینال خود را ببندید این پرس و جوها به عنوان اشیا پایتونی از بین خواهند رفت ولی درون ردیف های جداول خود در پایگاه داده باقی خواهند ماند. همچنین این امکان وجود دارد که چندین فیلتر را به صورت متوالی روی یک مدل ایجاد کرد. برای مشاهده لیست فیلترهای موجود برای SQLAlchemy جدول زیر را مشاهده کنید :



بعد از اینکه یک فیلتر را روی یک مدل قرار دادیم، فراخوانی all() باعث دریافت تمامی اشیا متناسب با آن فیلتر خواهد شد. اما این امکان وجود دارد که از تناسب های دیگری برای دریافت یک لیست مشخص از اشیا متناسب با آن فیلتر نیز بهره ببریم. لیست زیر را مشاهده نمایید :‌